Inhibidores

La estructura debe estar definida y su síntesis debe ser reproducible. Evite los restos tóxicos comunes y los restos que interfieren con los pan-ensayos (PAINS). Del mismo modo, evite los grupos químicamente reactivos, a menos que sea necesario, como en el caso de la estabilidad por adición covalente. icono La estabilidad (pureza e identidad química) debe preservarse en los medios pertinentes prestando atención a cualquier sensibilidad al pH. La actividad debe permanecer en los medios de cultivo. La molécula no debe exhibir reactividad química no-específica (por ejemplo, reacciones redox o desestabilización de membrana).

IC50 y Ki son las formas más comunes de indicar la potencia del inhibidor. En el contexto de la inhibición enzimática, IC50 indica la concentración de un inhibidor necesaria para reducir la velocidad de una reacción enzimática en un 50% en las condiciones experimentales dadas. Ki denota la relación entre la degradación del complejo objetivo del inhibidor-(koff) y la formación del complejo objetivo del inhibidor-(kon) para la unión del inhibidor a la enzima. El término Ki es una constante de equilibrio termodinámico y, por tanto, es un valor fijo. IC50, por otro lado, es una representación de la inhibición bajo un conjunto definido de condiciones y cambiará dependiendo de factores como la concentración de sustrato presente en el entorno de reacción. En el caso de inhibidores competitivos, la IC50 se puede relacionar con Ki mediante la ecuación de Cheng-Prusoff: IC50=Ki*(1+[S]0/Km). Esta es una útil herramienta web-para convertir valores de IC50 a valores de Ki utilizando diferentes modelos de unión de inhibidores.

Profiling will define the selectivity for related targets, which is often a more critical factor than potency. Typically, in biochemical assays, a factor of >10-100-veces en potencia para el objetivo frente a otros miembros de la familia define un inhibidor como selectivo para ese objetivo. Los inhibidores diseñados para ser selectivos para su objetivo de interés aún pueden unirse a otras proteínas en concentraciones más altas. Es importante estar al tanto de cualquier actividad adicional asociada con una clase química particular. Se pueden diseñar experimentos de control negativo para demostrar que el inhibidor no altera efectivamente la función de ninguna proteína fuera del objetivo en la concentración utilizada para inhibir el objetivo deseado. Los controles negativos bien considerados, como exponer células o proteínas solo al disolvente o sustituir análogos estructurales inactivos estrechamente relacionados, como los estereoisómeros R/S, ayudan a confirmar el efecto del inhibidor.

El mecanismo de acción es importante para definir mejor la naturaleza del inhibidor a fin de determinar cómo los sustratos naturales en concentraciones fisiológicas modularán la eficacia del inhibidor e identificar cualquier vulnerabilidad asociada con este mecanismo. Los posibles eventos de inhibición incluyen: El inhibidor se une a la enzima, a menudo mediante unión covalente, que la inactiva irreversiblemente. Si bien los inhibidores irreversibles suelen ser covalentes, los inhibidores no-covalentes en ocasiones pueden tener una vida tan prolongada que actúan como inhibidores irreversibles.