Inhibidores

La estructura debe estar definida y su síntesis debe ser reproducible. Evite las fracciones tóxicas comunes y las fracciones que interfieren en todo el ensayo (PAINS). Asimismo, evite los grupos químicamente reactivos, a menos que sea necesario, como por ejemplo para la estabilidad de la adición covalente. La estabilidad (pureza e identidad química) debe preservarse en los medios pertinentes, prestando atención a cualquier sensibilidad al pH. La actividad debe permanecer en los medios de cultivo. La molécula no debe exhibir reactividad química no específica (por ejemplo, reacciones redox o desestabilización de la membrana).

La IC50 y la Ki son las formas más comunes de indicar la potencia de un inhibidor. En el contexto de la inhibición enzimática, la IC50 indica la concentración de un inhibidor necesaria para reducir la velocidad de una reacción enzimática en un 50 % en las condiciones experimentales dadas. La Ki indica la relación entre la descomposición del complejo inhibidor-diana (koff) y la formación del complejo inhibidor-diana (kon) para la unión del inhibidor a la enzima. El término Ki es una constante de equilibrio termodinámico y, por lo tanto, es un valor fijo. La IC50, por otro lado, es una representación de la inhibición en un conjunto definido de condiciones y cambiará dependiendo de factores como la concentración de sustrato presente en el entorno de la reacción. En el caso de inhibidores competitivos, la IC50 se puede relacionar con la Ki mediante la ecuación de Cheng-Prusoff: IC50=Ki*(1+[S]0/Km). Esta es una herramienta web útil para convertir los valores de la IC50 en valores de Ki utilizando diferentes modelos de unión de inhibidores.

Profiling will define the selectivity for related targets, which is often a more critical factor than potency. Typically, in biochemical assays, a factor of >Un inhibidor selectivo para el objetivo frente a otros miembros de la familia se define como un inhibidor que tiene una potencia 10-100- veces superior a la del objetivo. Los inhibidores diseñados para ser selectivos para el objetivo de interés pueden unirse a otras proteínas en concentraciones más altas. Es importante tener en cuenta cualquier actividad adicional asociada con una clase química en particular. Se pueden diseñar experimentos de control negativo para demostrar que el inhibidor no altera de manera efectiva la función de ninguna proteína no deseada en la concentración utilizada para inhibir el objetivo deseado. Los controles negativos bien pensados, como exponer las células o las proteínas solo al solvente o sustituir análogos estructurales inactivos estrechamente relacionados, como los estereoisómeros R/S, ayudan a confirmar el efecto del inhibidor.

El mecanismo de acción es importante para definir mejor la naturaleza del inhibidor a fin de determinar cómo los sustratos naturales en concentraciones fisiológicas modularán la eficacia del inhibidor y para identificar cualquier vulnerabilidad asociada con este mecanismo. Los eventos de inhibición potenciales incluyen: El inhibidor se une a la enzima, a menudo a través de una unión covalente, que la inactiva de manera irreversible. Si bien los inhibidores irreversibles suelen ser covalentes, los inhibidores no covalentes a veces pueden tener una vida útil tan larga que actúan como inhibidores irreversibles.